目前治疗甲亢最好、最常用的药物有甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶两种。丙硫氧嘧啶起效快，还能够抑制外周组织的T4转化为T3，并且一般不会对胎儿造成畸形，所以在甲亢危象和甲亢合并妊娠早孕阶段，首选丙硫氧嘧啶。

甲巯咪唑比丙硫氧嘧啶效果更好，药物造成的肝功能损害也没有丙硫氧嘧啶多和严重，所以在其他时间和妊娠妇女中孕、晚孕期、哺乳期首选甲巯咪唑。

抗甲状腺药物一般在大剂量治疗1-3个月后，甲状腺功能会恢复正常，主要副作用是皮肤瘙痒、肝功能损害、白细胞减少以及ANCA相关的微血管炎，但一般副作用发生较少。